1、容易破裂。土工膜是一种高分子化合物的柔性材料，强度低，厚度也比较薄，因此容易破裂。造成破裂的原因有：
①、在施工过程中受损破裂；
②、被土石料中的石块等尖硬物刺破或顶破；
③、由于设计选择不当或没有局部约束被过大的水压力击穿；
④、铺设在支承土与混凝土面板之间的土工薄膜由于温度胀缩、重力、土体位移、浪击和水位变化的因素，可能引起界面滑动，土工薄膜将承受过度伸长、撕裂或擦伤；
⑤、斜面上用土和混凝土板保护土工薄膜的情况下，当水位骤降，土中孔隙水应力与库水位失去平衡，土体失稳而滑动；
⑥、建筑物过大的变形或不均匀沉降而导致破裂；
⑦、由于保护层薄或埋深浅，特别是用于渠道防渗时，被人畜或植物根系弄破。这些问题很容易发生，但又是可以避免的。
2、容易脆裂。土工膜在低温环境下，性能恶化，容易脆裂。这方面可通过选择耐低温的品种或增加保护层厚度解决，一般也不成问题。
3、老化问题。土工膜在接触阳光、冷热气候、臭氧的条件下，将较快老化而失去性能。但埋在水中或处于水下的土工膜，由于不接触以上因素，其老化还是相当慢的。目前对土工膜的使用寿命，还没有一个确切的规定，试验研究和实测资料都表明，在正常的保护条件下，其寿命可达50~~100年。
4、化学腐蚀。土工膜遇上某些化学物质，如酸性、碱性液体，或矿物油，可能会被腐蚀破坏。不过在一般的工程应用中，不接触这些物质因而不必担心。但在用于封闭废弃的固体或液体时，则应考虑这方面的问题。
由于土工膜在工程中可能遇到以上几个问题，因此，要正确设计，精心施工，保证土工膜良好地工作。同时也可根据不同情况在土工薄膜上面或下面，或者上、下两面加以保护，以保证土工膜的施工质量。