土工膜使用于水利工程优点很多同时与其他的混凝土，粘土，钢板衬砌等几种防水材料相比，有以下4个弱点：
1、容易破裂
土工膜是一种高分子化合物的柔性材料，强度低，厚度也比较薄，因此容易破裂，造成破裂的原因有：
(1)、在施工过程中受损破裂；
(2)、被石料中的石块等坚硬物刺破或顶破；
(3)、由于涉及选择不当或没有局部约束被过大的水压力击穿；
(4)、铺设在支承图与混凝土面板之间的土工薄膜由于温度胀缩、重力、土体位移，浪击和水位变化的因素，可能引起界面滑动，土工膜将承受过渡伸长，撕裂或擦伤；
(5)、斜面上用途或混凝土板保护土工膜的情况下，当水位骤降，土中空隙水应力与库水位失去平衡，土体失稳而滑动；
(6)、建筑物过大的变形或不均匀沉降而导致破裂；
(7)、由于保护层薄或埋深浅，特别是用于渠道防渗时，被人畜或植物根系弄破，这些问题很容易发生，但有时可以避免的。
2、容易脆裂
土工膜在低温环境下，性能恶化，容易脆裂，这方面可通过选择耐低温的品种或增加波爱护层厚度解决，一般也不成问题。
3、老化问题
土工膜在接触阳光，冷热气候，臭氧的条件下，将较宽的老化而失去性能。但埋在水中或处于水下的土工膜，由于不接触以上因素，其老化还是相当慢的。目前对土工膜的使用寿命，还没有一个确切的规定，试验研究和实测资料都表面，在正常的保护条件下，其寿命可达50-100年。
4、化学腐蚀
土工膜遇上某些化学物质，如酸性，碱性液体，或矿物油，可能会被腐蚀破坏。不过在一般的工程中，不接触这些物质而不必担心，但在用于封闭废弃的固体或液体时，应考虑这方面的问题。
   由于土工膜在工程中可能遇到以上几个问题，因此要正确设计，精心施工，保证土工膜良好的工作。同时也可根据不同情况在土工膜上面或下面，或者上下两面加以保护，将土工膜与土工织物通过挤压，滚压或喷涂等工艺制成整体结构的复合土工膜。