尾矿库水平防渗的缺点与不足主要体现在两个方面，一个是渗漏问题，一个就是防渗造价高的问题，这两个问题都是尾矿库防渗比较关心的问题。
    国内尾矿库使用土工膜防渗衬层的工程实践历时不长，缺乏设计、施工等经验，更缺乏对防渗土工膜的检测手段及渗漏的监测资料。但是鉴于尾矿库的防渗土工膜材质和敷设工艺与生活垃圾填埋场的基本一致，依据科学的类比方法，我们可以从垃圾填埋场土工膜的渗漏情况来推断尾矿库土工膜的渗漏状况。严格控制施工质量或铺膜条件很好的情况，土工膜也存在或多或少的破损漏洞问题。
    尾矿库土工膜孔洞形成早期主要是由于焊缝问题，后期则主要是铺设膜上碎石排水层时造成的（膜的焊接工艺日趋成熟，焊缝缺陷则日趋减少）。
    近些年来也开展了填埋场防渗土工膜渗漏检测工作，查出每平方公里土工膜上有漏洞500～2000个，多的达每平方公里15400个，而且漏洞的尺寸比欧美的漏洞尺寸大很多。大部分孔洞是在施工过程中造成的，其中又主要发生在铺设膜上碎石排水层时。
    由垃圾填埋场渗漏量推断尾矿库渗漏量，将远远大于上述估算值。因此，尾矿库因防渗土工膜的破损导致的渗漏问题是不容忽视的，渗漏的尾矿库澄清液将会严重污染周边环境。
    其次就是尾矿库水平防渗采用土工膜防渗衬层的造价一直居高不下。例如：中国铝业股份有限公司河南分公司第五赤泥库水平防渗的投资高达12523.30万元，占工程费用24 221.11万元的51.7%；高昂的造价限制了这种防渗型式的推广，各企业为了通过环保验收维持生产才勉强同意铺设土工膜防渗衬层。
    综上所述，水平防渗模式不仅实施质量上存在缺陷，而且还造价较高，极不经济，限制其推广运用。